Circulating free DNA甲基化解決方案
提供cfDNA甲基化全方位技術解決方案
cfDNA (circulating-free cell DNA), 又稱循環 DNA 或無細胞DNA, 是指存在于血漿或血清的細胞外DNA；
ctDNA（circulating tumor DNA）攜帶了腫瘤基因組一定的突變信息(SV、indel、CNV等)，
還攜帶表觀修飾信息5mC甲基化和5hmC羥甲基化及結構信息(片段長度、斷裂特征等)；
其中DNA甲基化5mC修飾具有獨特的應用價值，廣泛用于腫瘤疾病早篩早診、復發預后等應用
基于cfDNA甲基化biomarker篩選技術路線
潛在甲基化biomarker篩選步驟，結合樣本及成本的實際情況，按照以下3種方式進行：
1、以現有的TCGA甲基化芯片數據庫進行篩選潛在的biomarker及建模；
2、從腫瘤組織樣本入手，篩選腫瘤特異性的biomarker，推薦最高性價比的RRBS方案；
3、直接以血漿/血清cfDNA樣本進行WGBS測序篩選biomarker及建模。
在驗證步驟，對潛在的biomarker及模型的驗證，
通常采用靶向甲基化Panel對大樣本血漿/血清cfDNA的臨床驗證。
完整解決方案，服務每一個項目
艾斯基因專注表觀組學10年，提供專業的DNA甲基化完整解決方案；
已經完成3000+例樣本cfDNA甲基化項目經驗;
解決從血液采集保存、cfDNA分離提取(>90%得率)，
低至15ng輸入量的微量全基因組甲基化文庫構建，
及cfDNA靶向甲基化Panel定制測序一整套核心技術方案；
全方位助力cfDNA甲基化biomarker篩選及轉化應用。
技術方案及樣本要求
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樣本/文庫類型 |
樣本要求 |
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850K甲基化芯片 (組織樣本) |
總量≥ 1ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
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WGBS/RRBS (組織樣本) |
總量≥ 1ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
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cfDNA WGBS (血漿樣本) |
建議提供1-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA |
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甲基化Panel (血漿樣本) |
建議提供1-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA |
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備注：用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
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cfDNA樣本準備注意事項
在體內cfDNA在血漿里核酸酶的作用下，不斷降解消失，
同時新的ctDNA和cfDNA進入血漿中，維持一定的動態和半衰期；
抽血離體之后ctDNA會繼續降解、含量逐步減少，
而來自白血細胞的cfDNA持續進去血漿，進而稀釋ctDNA濃度，降低檢測信號。
因此，在采血、血漿分離及保存運輸，每一步操作都會影響數據的質量
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抽血及暫存注意事項 |
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EDTA抗凝管 |
在2-8度冰箱暫放；在8小時內低溫離心分離血漿 |
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Streck等采血管 |
在2-8度冰箱或者常溫暫放；在48小時內離心分離血漿 |
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注意：全血樣本在分離出血漿之前，千萬不要冷凍保存 |
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血漿分離 |
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采取兩輪離心分離血漿，4℃條件下以 1600g 離心10min， 4℃條件下以 16000g 離心10min； 要求EDTA抗凝管采血管需要低溫條件離心； Streck等采血管建議低溫離心，也可以常溫離心，不受到影響 |
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保存及運輸 |
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分離的血漿存放于-80℃冰箱保存(3年內都可以); 使用干冰運輸。 |
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cfDNA提取產量 |
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cfDNA的含量存在較大的波動及異質性； 一般正常人及腫瘤早期, 5-15ng/ml血漿； 腫瘤晚期或者化療等病人, cfDNA濃度顯著提高 |
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為了結果的穩定性和一致性，
我們建議使用Streck等采血管替代普通的 EDTA抗凝管，
對于合作項目，艾斯基因免費提供專門的采血管！
