染色質免疫共沉淀測序(ChIP-seq)
ChIP經典的蛋白與DNA互作研究工具
染色質免疫共沉淀測序（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing, ChIP-Seq），
是將染色質免疫共沉淀與高通量測序相結合的技術，
是研究蛋白質與DNA相互作用的經典手段；
通過將測序獲得的數百萬條序列標簽精確定位到基因組上，
從而獲得全基因組范圍內與組蛋白修飾、轉錄因子等互作的DNA區段信息。
用心服務每一個項目
最早開發動植物ChIP技術團隊之一，
已完成人、小鼠等多種物種進行染色質免疫共沉淀測序分析，
助力客戶在Genomics、PLoS One、Gigascience、BMC Genomics等雜志發表多篇論文。
科學方案設計
從項目方案、樣本處理、建庫測序，到數據分析；
每個項目需要專業、有價值的建議；及時高效的溝通，以保障高質量研究成果。
樣本類型和要求
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樣本類型 |
樣本要求 |
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ChIP富集DNA |
總量≥ 1ng; 濃度≥ 0.1ng/ul; 基于Qubit定量；主峰范圍在100-750bp; |
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細胞沉淀 |
組蛋白修飾1x10*7細胞；轉錄因子5x10*7細胞 |
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動植物組織 |
按照送樣要求準備 |
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備注：用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
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信息分析
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ChIP-Seq |
分析內容 |
備注 |
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標準化分析 |
1、測序數據質量評估 |
去除低質量數據及接頭序列 |
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2、與參考基因組比對 |
測序reads 在基因組上的分布 |
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3、Peak峰Calling |
尋找組蛋白修飾或者轉錄因子結合位點 |
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4、Motif分析 |
尋找修飾或者結合序列的偏好性 |
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5、Peak圖譜分析 |
Peak 在基因組，染色體，功能元件上的分布 |
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6、Peak相關基因注釋 |
尋找修飾或者轉錄因子結合基因 |
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7、組間差異Peak分析 |
尋找差異修飾或者轉錄因子結合區域 |
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8、差異Peak基因分析 |
相關基因GO，KEGG富集分析 |
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高級分析 |
9、多組學整合關聯分析 |
例如,與轉錄組等數據關聯分析 |
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10、其它定制化分析 |
結合課題背景亮點挖掘 |
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